Вищим органом профспілки є з’їзд.
Згідно зі Статутом профспілки іншими виборними органами є:
1) первинної організації профспілки – профспілковий комітет, а в організації з чисельністю менше 15 осіб – профорганізатор; 
2) організації профспілки структурного підрозділу установи (далі за текстом – структурна організація профспілки) – профбюро;
3) профгрупи – профгрупорг;
4) територіальної організації профспілки – відповідно об’єднаний, районний, міський комітет (президії відповідного комітету). В об’єднаних організаціях профспілки міста і району може утворюватись міськрайонний комітет профспілки;
5) регіональної організації – відповідно обласний, Київський міський, республіканський комітет профспілки (президії відповідного комітету).
6) на рівні профспілки – Центральний комітет, президія ЦК.
У період між з’їздами керівництво діяльністю профспілки здійснює Центральний комітет профспілки (ЦК профспілки).

У період між пленумами ЦК керівництво діяльністю профспілки здійснює президія, яка формується з його членів і є підзвітною та підконтрольною Центральному комітету.

VІІІ З’ЇЗД ПРОФСПІЛКИ

25 листопада 2020 року в м. Києві відбувся VІII з’їзд Профспілки працівників державних установ України. 
На з’їзді Центральний комітет Профспілки працівників державних установ України прозвітував про роботу ЦК профспілки після VIІ з’їзду Профспілки працівників державних установ України та намітив основні напрямки діяльності на наступні 5 років.
Ситуація, у якої зараз опинились державні службовці, серйозні проблеми, що їх турбують, вимагають негайного втручання та їх вирішення на рівні вищої законодавчої та виконавчої влади. Тому забезпечення захисту законних прав та інтересів працівників державних установ було і залишається пріоритетним напрямом діяльності профспілок. Про це говорили делегати та гості VІIІ з’їзду Профспілки працівників державних установ України.

 В роботі форуму взяли участь та виступили Голова СПО об’єднань профспілок, Голова ФПУ Григорій Осовий.

 Після обговорення звітів ЦК та ревізійної комісії, делегати зїздувирішили:

- визнати роботу Центрального комітету Профспілки працівників державних установ України у звітний період задовільною.

- затвердити Програму дій Профспілки працівників державних установ України на 2020 - 2025 роки "П'ять років - п'ять кроків". 

Головою Профспілки працівників державних установ України одноголосно обрано Юрія Піжука.

Заступником голови – Шарапу Наталію Валеріївну.